1、使用成本高——當前一般性超微粉碎機應用于中藥材時，如果追求較好的粉碎效果，就需要反復粉碎，無法實現良好的生產效率或成本。
2、
不易受力——中藥材中大多數是植物，其種類繁多，性質不一，有相當一部分富含纖維且比重較輕，在粉碎機械之中不易受到機械力的作用，使用者往往有“鐵錘打棉花”的感慨。
3、
溫度過高——中藥材多數具有活性成分，在粉碎處理當中，對溫度有著較高的要求，如果一味追求高轉速所帶來的沖擊力，往往造成溫度過高，藥材失效。
4、
破壁效果不好——中藥材的細胞直徑一般在10至50微米之間，一部分達到70微米，所以粉碎到兩三百目，僅僅有部分細胞開始破壁，要達到以提高藥效為目的的破壁，應該將細度底線設定到500目（等比直徑25微米）左右才比較合適。而現在的一般性超微粉碎機對于中藥材都很難達到這一要求。
